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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
07/12/2016 |
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Data da última atualização: |
06/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
UTSUNOMIYA, A. T. H.; SANTOS, D. J. A.; BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, Y. T.; MILANESI, M.; BICKHART, D. M.; AJMONE-MARSAN, P.; SOLKNER, J.; GARCIA, J. F.; FONSECA, R. da; SILVA, M. V. G. B. |
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Afiliação: |
Adam T. H. Utsunomiya, UNESP; Daniel J. A. Santos, UNESP; Solomon A. Boison, Nofima, Ås, Norway; Yuri T. Utsunomiya, UNESP; Marco Milanesi, UNESP; Derek M. Bickhart, ARS, USDA, Beltsville; Paolo Ajmone-Marsan, Università Cattolica del Sacro Cuore, Piacenza, Italy; Johann Sölkner, BOKU - University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna, Austria; José F. Garcia, UNESP / IAEA; Ricardo da Fonseca, UNESP; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL. |
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Título: |
Revealing misassembled segments in the bovine reference genome by high resolution linkage disequilibrium scan. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 17, article 705, 2016. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1186/s12864-016-3049-8 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Background- Misassembly signatures, created by shuffling the order of sequences while assembling a genome, can be detected by the unexpected behavior of marker linkage disequilibrium (LD) decay. We developed a heuristic process to identify misassembly signatures, applied it to the bovine reference genome assembly (UMDv3.1) and presented the consequences of misassemblies in two case studies. Results -We identified 2,906 single nucleotide polymorphism (SNP) markers presenting unexpected LD decay behavior in 626 putative misassembled contigs, which comprised less than 1 % of the whole genome. Although this represents a small fraction of the reference sequence, these poorly assembled segments can lead to severe implications to local genome context. For instance, we showed that one of the misassembled regions mapped to the POLL locus, which affected the annotation of positional candidate genes in a GWAS case study for polledness in Nellore (Bos indicus beef cattle). Additionally, we found that poorly performing markers in imputation mapped to putative misassembled regions, and that correction of marker positions based on LD was capable to recover imputation accuracy. Conclusions - This heuristic approach can be useful to cross validate reference assemblies and to filter out markers located at low confidence genomic regions before conducting downstream analyses. |
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Palavras-Chave: |
GWAS; Imputation; Misassembly. |
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Thesagro: |
Bos Indicus; Bos Taurus. |
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Thesaurus Nal: |
Genome; linkage disequilibrium. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agroindústria Tropical. |
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Data corrente: |
03/03/2020 |
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Data da última atualização: |
03/03/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
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Autoria: |
MELO, D. S.; VALE, J. C. do; MACHADO, I. P.; VIDAL NETO, F. das C.; BARROS, L. de M. |
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Afiliação: |
DHEYNE SILVA MELO, CNPAT; JÚLIO CÉSAR DO VALE, Engenheiro-agrônomo, doutor em Fitotecnia, professor da Universidade Federal do Ceará; INGRID PINHEIRO MACHADO, Engenheira-agrônoma, mestra em Fitotecnia, doutoranda na Universidade Federal do Ceará; FRANCISCO DAS CHAGAS VIDAL NETO, CNPAT; LEVI DE MOURA BARROS, CNPAT. |
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Título: |
Seleção entre e dentro de progênies de meios-irmãos de cajueiro via REML/BLUP. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Fortaleza: Embrapa Agroindústria Tropical, 2020. |
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Páginas: |
21 p. |
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Série: |
(Embrapa Agroindústria Tropical. Boletim de pesquisa e desenvolvimento, 198). |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A estratégia para a obtenção de clones no programa de melhoramento genético do cajueiro da Embrapa Agroindústria Tropical é avaliar tanto genótipos prospectados em pomares comerciais quanto indivíduos selecionados via melhoramento populacional. Assim, o objetivo do trabalho foi identificar progênies de meio-irmãos e indivíduos agronomicamente superiores, dentro das progênies, para subsidiar a etapa posterior do programa. |
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Palavras-Chave: |
Índice de seleção genético. |
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Thesagro: |
Anacardium Occidentale; Melhoramento Genético Vegetal. |
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Thesaurus NAL: |
Anacardium. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/211417/1/BP-198.pdf
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Marc: |
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490 $a(Embrapa Agroindústria Tropical. Boletim de pesquisa e desenvolvimento, 198).
520 $aA estratégia para a obtenção de clones no programa de melhoramento genético do cajueiro da Embrapa Agroindústria Tropical é avaliar tanto genótipos prospectados em pomares comerciais quanto indivíduos selecionados via melhoramento populacional. Assim, o objetivo do trabalho foi identificar progênies de meio-irmãos e indivíduos agronomicamente superiores, dentro das progênies, para subsidiar a etapa posterior do programa.
650 $aAnacardium
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650 $aMelhoramento Genético Vegetal
653 $aÍndice de seleção genético
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700 1 $aBARROS, L. de M.
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Registro original: |
Embrapa Agroindústria Tropical (CNPAT) |
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